Bien que classé Lieu historique national et bâtiment fédéral du patrimoine en raison de son importance historique et de sa valeur architecturale et environnementale, le phare est menacé.

Le phare fait désormais partie du Palmarès 2013 des dix sites les plus menacés de la fondation Héritage Canada

http://www.heritagecanada.org/fr/dossiers-et-campagnes/dix-sites-menac%C3%A9s

• L’intégrité physique et structurelle du phare est menacée à court terme.

Le parement de la tour est à réparer compte tenu des lézardes qui sont à l’origine d’infiltrations d’eau et de risques de chutes de pierres. Il est à noter qu’un élément étranger à la structure d’origine a été ajouté. Il s’agit d’un pare-pierres métallique en forme de voûte au-dessus de la porte du phare. Toutes les fenêtres sont aussi des causes d’infiltration. Leur étanchéité est à revoir. La structure de la lanterne dont les éléments métalliques montrent à certains endroits des bassins de corrosion nécessite une restauration. La peinture qui protège ces éléments est en très mauvais état. La coupole a besoin aussi d’une nouvelle couche de peinture. Des travaux de peinture sont nécessaires sur les structures de bois qui composent les différents planchers et escaliers.

 Des travaux majeurs de réfection sont donc à envisager dans un avenir proche.

Les travaux de réfection du parement du phare datent d’il y a plus de 30 ans (1983).

•  Le phare est un bâtiment fédéral du patrimoine classé appartenant actuellement au ministère des Pêches et Océans. Selon la Loi sur la protection des bâtiments fédéraux du patrimoine  et étant donné qu’il s’agit d’un phare toujours actif, il devrait donc être entretenu par le MPO selon la Politique du Conseil du trésor sur la gestion des biens immobiliers. Afin de se soustraire à cette politique, le MPO a déclaré excédentaire le phare de Cap-des-Rosiers. En fait comme le recommande la FHC, le phare ne devrait pas être déclaré excédentaire. Bien d’autres phares font partie de cette cohorte de phares excédentaires (près de mille dont 473 encore actifs), et si de nombreux phares sont reconnus ou classés bâtiments fédéraux du patrimoine, seuls trois d’entre eux au Québec sont à la fois lieu historique national et bâtiment fédéral du patrimoine, le phare de Pointe-au-Père à Rimouski, le phare de l’Île-Verte et celui de Cap-des-Rosiers parmi les sept phares au Canada auxquels a été décerné ce double classement.

• Compte tenu de l’état structurel du phare et du peu de ressources que procurent les visites, il impossible pour le SHMPCDR de faire face aux dépenses de la restauration d’un phare qui de surcroît appartient à l'état canadien.